所谓的“科学小说”既包括与今天的科幻小说有直接联系的未来小说，也包括普及科学知识的科普小说，如明治初期的畅销书《造化机论》。自江户后期的兰学以来，医学领域的启蒙书成为“开化”知识的先驱，这些医学启蒙书大多数是附有解剖图的关于性的通俗解说书，虽然多数读者不是出于对科学的好奇，但是读者众多。

从幕府末期到明治初期，日本多次发生霍乱大流行，普及预防传染病的卫生知识成为当务之急。与霍乱的斗争，就如文字所言，的确是一场你死我活的战斗，故常常用战斗一类的词来描述。附有图解的医学书把药比喻成炮弹，预防就成为“微细菌军”与“卫生军”间的战斗。这些使用拟人化表现手法的“科学小说”就是科普启蒙书，同时也可以说是科幻。虽然作为科学启蒙的书是失败了，但在科幻史上倒成为“奇思妙想书”，非常有趣，所以“科学小说”处境很微妙。

滩冈驹太郎的《卫生镜人身体内政事记》（丰盛堂，明治22年）就是这类奇书的一个典型。这本书把人的身体组织比喻为社会行政体制，力图用拟人化的手法来向读者做简单明嘹的说明。而现在类似这样的科普书也不少。把食物顺着消化器官走动的样子比喻为旅行，用故事来解释食物链及自然的循环，如今已经成为面向儿童的科普读物的固定模式了。

这种用讲故事的方式来解释科学的传统在欧洲文艺复兴时期就已存在。把科学的发现写进诗歌里，借符号的故事来描述合金的生成及调和药剂发生的化学反应等，进而使得当时最先端的科学知识（自然科学在当时仍与炼金术及神智学混为一体）愈发显得贵重，愈发作为神秘的东西而特权化。

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