汇报一个月后的2000年7月，张亚勤在新泽西的家中度假。刚刚休息了两天，李开复打来了电话。他声音显得很沉重，说道：“亚勤，我要离开了，全靠你了。”

张亚勤一时没回过神来，急忙问道：“什么意思？你要去哪儿？”李开复被调回微软总部任全球副总裁，全力投入微软公司最新提出的Microsoft.NET方面的有关工作，他将微软中国研究院的棒子交到了张亚勤的手中。

张亚勤觉得李开复在开玩笑，因为研究院才刚刚起步没多久。三天后，他结束了短暂的度假，回到了北京。

2000年的8月2日，他正式成为微软中国研究院院长兼首席科学家，当时研究院的规模接近50人。

这是新世纪的第一个年头，站在新起点上，整个世界都在注视着东方的中国。亚洲资深的政治家、77岁的李光耀出版了自传《李光耀回忆录》，他预言：“中国有可能实现其到2050年成为现代化经济大国的目标，它将以一个平等和负责任的伙伴姿态参与世界贸易和金融活动，以及成为世界重要成员中的一员。如果它不转移教育和经济两大发展中心，中国很有可能成为世界第二大贸易国。这就是中国50年的一个构想——现代化、自信和负责任的大国。”

在即将加入WTO的利好消息的推动下，中国的宏观经济呈现良好的态势。微软中国研究院在这样的氛围中，在张亚勤的带领下，进入“新世纪”，开始走向另一个辉煌。

这一年，比尔·盖茨来到微软中国研究院，这里的一切让他感到回不过神来。研究院更像是一个游戏软件生产基地，像一个科幻世界！“光子”、“量子”、“基因链”、“DNA”、“火药库”，这些都是会议室的名字。墙上啥都没有，多的是大白板，有些甚至没有墙，只有没完没了的大白板。

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