噶尔丹并没有强迫伊斯兰教徒们改变自己的信仰，他需要的是一个服从于自己为自己提供军需物资的稳定领地。他扶持伊斯玛依勒汗的侄子阿卜杜·里什特为傀儡可汗，同时封伊达耶提拉为“阿巴克”，也就是“首领”，但伊达耶提拉却把蒙语“阿巴克”改成了波斯语“阿帕克”，就成了“宇宙”的意思。从此，阿帕克和卓便成了天山南麓的实际统治者，每年向准噶尔汗国缴纳十万两白银和24万斤麦子的贡赋。

阿帕克和卓横征暴敛的统治了十年，其间更换了两个可汗，在他死后不到八个月，儿子雅雅和卓便被杀。白山派的统治结束，和卓家族被准噶尔人囚禁于伊犁。他们的死对头黑山派在准噶尔人扶持下掌握大权。

17世纪末，再没有傀儡叶尔羌汗出现，汗国的尾声也结束了。

1755年，清朝乾隆皇帝派遣大军攻伐准噶尔末代汗王达瓦奇，准噶尔汗国崩溃。白山派和卓波罗尼、霍集占兄弟趁机摆脱囚禁，归附清朝。

在清朝的支持下，波罗尼攻占叶尔羌等地，黑山派和卓加罕及其家属全部被杀，仅有其弟弟阿卜杜拉和两个儿子逃亡。

但清朝是不会再允许独立的宗教政权出现在天山以南的。波罗尼、霍集占兄弟于是于1757年公开起兵反清，史称“大小和卓之乱”。

1759年，兄弟二人最终失败，天山南北全部划为清朝版图。

1820年，波罗尼之孙张格尔由浩罕汗国进入新疆，拉开“张格尔之乱”序幕，直到1826年方才以张格尔被擒而告结束。

1865年，波罗尼曾孙布素鲁克在浩罕汗国阿古柏的护卫下回到新疆，成为“哲德沙尔汗国”的傀儡可汗，后在图谋独立失败后被驱逐出境。

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