元中叶之后,中国数学急剧衰落,元末的几部著作只是对乘除捷算法有所改进。明永乐年间(公元1403—1425年)修《永乐大典》,将前此的中国数学著作按起源、各种数学方法及音义、纂类等分类抄录。汉唐宋元数学著作在明代大都散佚,清中叶修《四库全书》,中国古算书多赖此重新面世。
明代八股取士,思想禁锢严重,学者们很少留心数学。顾应祥、唐顺之是明代数学大家,全然不懂天元术和增乘开方法。景泰元年(公元1450年)吴敬撰《九章算法比类大全》十卷,收集历代应用题,亦抛弃了增乘开方法和天元术。元明之后,随着筹算捷算法的完备,珠算术产生并得到普及,明朝出现了一批有关珠算的著作。其最著者为程大位的《算法统宗》(公元1592年),凡17卷,595问。此书适应商业发展的需要,以珠算为主要计算工具,并载有珠算开方法。此书在以后二、三百年问被多次翻刻、改编,流传之广是罕见的。程大位,字汝思,号渠宾,休宁(今黄山市屯溪区)人,曾在长江中下游地区经商,注意收集算经和数学问题,晚年撰成此书。
16世纪末,利玛窦等欧洲传教士来华,与徐光启等一起翻译《几何原本》等著作。后来,传教士们又引入了三角学、对数等西方初等数学,从此,中国数学开始了中西会通的阶段。清朝260余年,留下数学著作极多,都在不同程度上融会中西数学。
清宣城梅文鼎(公元1633—1721年)潜心于中西数学研究,著述甚多,其孙梅瑴成将他的著作编辑成《梅氏丛书辑要》60卷,其中数学著作13种40卷,内容遍及当时中国数学的各个门类,对清朝数学影响极大。
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