万历三十九年考核京官，京师由东林党人主持，浙、齐、楚等首领多被罢黜；南京由浙党等主持，东林党人尽遭排斥。一个朝廷怎么会同时在两个地方考察官员呢？原来，这是由于明朝有一项独一无二的两京制度。两京分别为南京和京师即北京。要说各国都城的数量，明朝也不为多，它的独特之处在于两个都城各设一套中央机构，且多有相同之处，彼此独立，各不统署。两京制度的建立有着深刻的历史原因。

明朝立国之初，朱元璋的势力范围主要在南方。1368年，朱元璋在应天府称帝，并建都于此，改名为南京。此时朱元璋还有向北迁都的打算，不过他理想中的京师是开封，所以暂且将开封府称北京。但后来，朱元璋乐不思蜀，渐渐淡去了迁都开封的念头，遂去掉开封的“北京”称号，改“南京”为“京师”。

燕王朱棣在朱元璋去世后从北平发动靖难之役，攻占京师，夺取帝位，初时也定都南京。此时蒙古族的残余势力还在北方威胁着大明王朝的社稷安危，而北平“地势雄伟，山川巩固，四方万国，道里适均”，若迁都于此，即可以抵御蒙古贵族的威胁，又可以占据有利地形，控制南方各地。朱棣继位后于永乐元年改北平为北京，并大规模修筑北京城，做迁都的准备。

1421年明朝迁都北京，并改北京为京师，同时复原南京的名号。

明成祖迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。

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