目前已有多种方法，包括化石资料的研究，可以用来判断极性（Polarity），即判断特征序列中孰为祖征，孰为衍征。但是要肯定无疑地确定祖先状态目前还多半是不可能的。

支序分析的结果记入支序图（cladogram）中。支序图由描述系谱线（phyleticline）连续分裂的一系列二叉分支组成。在构成支序图中有两项假定是完全任意的。第一项假定是当一个新种出现时现存的每一个种就要被消去，另一项假定是每一分裂都是二叉分支。由于认识到大多数的物种形成发生在孤立的，小的创始者种群（founderpopulation）中，因此很明显这样的物种形成对亲本种（Parent species）的遗传和形态不会有任何影响，而亲本种将在千百万年中基本保持不变并不时地分离出新的子代种。

严格的二叉分支同样也是不切实际的假定。大的分类单位达到进化级似的阶段（grade－like stage）后可能产生好几个特化了的子系（daughter line），虽然在分类学上是姐妹群，但它们可以按各自的途径发展下去，而且除了从同一个亲本分类单位所得到的类似性而外，便再也没有其它的共同处。近来构成的某些支序图已经认识到这一点，因而将某些二叉分支改为多叉分支（polytomy，Ashlock 1981）。由于上述各种原因，Hull（1978）曾强调指出虽然许多支序学家声称他们的方法是完全客观并且是非任意性的，但实际上并没有事实根据。联系到支序学家对互相竞争的分类学方法的缺点的批判，记住这一点是重要的。

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