在海克尔的重建中，他所假设的连接只有很少是根据化石记录；因此他主要使用的是间接证据。他设想，解剖学上的相似性表明由来的连续性。他所复活的重演论引起了更大的争论，重演论认为个体发育重演系统发育，也就是说，现代动物的胚胎生长重复着该种动物过去进化的关键阶段。对于阿加西所信奉的在动物纲的连续序列中和人类胚胎的生长中重复着神的特创计划的观点，海克尔并不赞同。他提出自然机制将会使某些祖先阶段的成体形态保留在其现代后裔的胚胎生长中。虽然有些类型的进化过程受到过阻碍，但是只要博物学家小心谨慎，还是能够甄别出那些可以代表过去进化阶段的胚胎结构。大概正是由于海克尔滥用了这种“生物发生律”，导致人们普遍相信进化论只是限于寻找这种胚胎学的平行。事实上，现代的生物学家并不接受这种直白的重演论观点，而且他们的进化论也不是建立在这样脆弱的基础上。通过海克尔对胚胎类比的使用，可以看出他的思想受到了拉马克主义因素的很大影响，而不是受到了达尔文主义因素的很大影响（Gould，1977b）。

在19世纪70年代和80年代，生物学家所尝试做的很多工作都是在步海克尔的后尘。人们提出了关于进化关键阶段的其他解释，并不断拿出这样或那样的证据。最后，那些更关注实验研究的科学家开始怀疑整个这样做的价值。因为只有在很少的情况下可以用化石证据检验理论，他们提出应该停止这样做，以做一些更富有成果的研究。然而，反对建立假想式的发生学并不意味着反对进化的基本思想。，而且古生物学家依然在试图寻找符合进化理论的化石。到了这个世纪末，蒙特利尔的J·W·道森爵士几乎是唯一依然捍卫特创论的著名古生物学家（Dawson，1890；OBrien，1971）。为什么后来古生物学家有接受了进化论？答案似乎是足够的化石证据即使不能证明进化，但是也使得他们确信了特创论的荒谬。例如，进化论者可能会预言，如果鸟类是从爬行动物进化来的，那么就有希望找到这两个纲之间过渡类型的化石。相反，特创论者囿于坚持现存类群之间的明显区别，不愿意设想与过去的类群之间存在着中间过渡类型。一旦的确发现了这种中间过渡类型，通过加上其他的奇迹般事件，中间过渡类型也可能符合特创论的理论，但是特创论者只有在这种发现使他们无法再依赖任何可预测的力量之后，他们才能作出妥协。因此，即使仍然缺乏完备的序列，但是单一的中间类型会支持进化的观点。

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