问题在于说明如何将磷酸安置在中央，而一般认为正常的pH带有负电荷。这些位于核心的负电荷相互排斥，结构就会爆裂。他们设想的三螺旋尽管看上去非常精美，而且又与有关数据那么吻合，克里克和沃森想到，在核心部分一定有一个地方存在正离子来抵消这些负电荷。他们找来了一本《化学键的本质》，查看有没有无机离子满足他们的需要。他们发现锰和钙都满足要求。没有证据表明存在着这两种元素的正离子，然而也没有证据表明它们不存在。他们毕竟是仿照鲍林认真思考的，鲍林在这种情况下肯定也会这样做：首先设想出结构，然后再考虑一些次要的细节。

这两个年轻人，如此快就攻克了这一难题，感到非常得意。他们邀请威尔金斯和富兰克林来卡文迪什观看他们的胜利成果。富兰克林随手就将邀请信撕成了碎片。问题不仅在于假定分子呈螺旋状——富兰克林根本就不相信Ｘ射线的资料能证明这点一而且还在了他们竟然想得出螺旋中央会有正离子凝聚在一起。她指出，在细胞核中，锰或其他离子无疑被水分子包围着，因而是中性的，不可能将磷酸黏结在一起。况且，水是非常重要的。富兰克林还指出，克里克和沃森一定是将某些数据搞错了。按照她的看法，DNA是一种非常干渴的分子，其中的含水量要比他们两人的模型所允许的数量多10倍。她从这种分子吸水的能力看出，磷酸应位于分子的外侧，积蓄在薄薄的水层中。水容量不台，说明克里克和沃森计算出来的密度不准确。

后来的事实证明，富兰克林是正确的。两个年轻人试图说服威尔金斯和富兰克林与他们合作，再进行一次试验，但这一要求被他们顶了回来。这一失败的消息传到布拉格的耳朵里，他很快就将克里克调回到蛋白质课题组，沃森则被调到了与他的知识基础更加相称的地方，也就是对烟草花叶病病毒进行晶体衍射图研究。

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