2013年，发现H7N9禽流感患者并出现死亡病例。活禽养殖业再度遭受冲击。阻击禽流感的责任感与活禽养殖业的责难，一同加于国家卫计委及有关专家。

钟南山的看法有两点：第一，大多数病人是在活禽市场感染H7N9禽流感的，因此，要对活禽市场实行严格控制。第二，一旦发现有禽流感人传人的迹象，必须立即关闭活禽市场。然而，无论控制还是关闭，都会让养禽企业受到损失，并陷入恐慌。

但是，钟南山认为：只能是尊重事实。

2014年新年的钟声敲响时，钟南山仍未离开禽流感垂危患者的监护室。病人家属打来电话再三询问，钟南山回答说：“我会竭尽全力！”

早在21世纪初，钟南山的学生，以及其他一些专家，就对禽流感病毒开始了研究。禽流感病毒既往仅在禽间发现，但在20世纪末，已出现H5N1禽流感传染人的病例，并出现有限的人传人现象。H7N9禽流感为新型流感。至2013年的诊疗方案认为，人感染后，潜伏期一般为7天以内。患者一般表现为流感样症状，比如发热、咳嗽、少痰，可伴有头痛、肌肉酸痛和全身不适。重症患者病情发展迅速，表现为重症肺炎，体温大多持续在39摄氏度以上，出现呼吸困难，伴有咳血痰；可快速发展，出现急性呼吸窘迫综合征、纵隔气肿、脓毒症、休克、意识障碍及急性肾损伤等。人感染重度禽流感，可以在短时间内夺命，这是最关键的。

H7N9新型禽流感，于2013年3月底在上海和安徽两地率先发现。它是全球首次发现的新亚型流感病毒，当时尚未纳入我国法定报告传染病监测报告系统，并且至2013年4月初，尚未有疫苗推出。被该病毒感染后，均在早期出现发热等症状。至2013年4月，尚未证实此类病毒具有人传染人的特性。2013年4月，经调查，H7N9禽流感病毒的基因，来自东亚地区野鸟和中国上海、浙江、江苏鸡群的基因重配。

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