我们在前面已经提到，在元朝时就曾设置澎湖巡检司，负责台湾与澎湖列岛一带的海防与治安。但是到了明朝初年，由于海上倭寇的猖獗，明政府撤销了澎湖巡检司这一机构，并将澎湖列岛的居民撤往大陆。明朝政府的这一做法，不但没有起到遏制倭寇的目的，反而让澎湖列岛逐渐成为了倭寇的据点。

在明朝时，台湾岛与大陆的联系已经十分密切，当时有不少大陆人渡海来到台湾岛居住。明朝虽然没有在岛上设立行政机构，但明军在追剿“海寇”时曾多次进入台湾，并把台湾及其附近海面列为军事防御区域。天启二年（1622年），荷兰人第二次被明朝军队从澎湖驱逐之后，便转向台湾，侵占了台南一带。天启六年（1626年），西班牙人也步荷兰人的后尘，占据了台北一带。明朝末年，荷兰人趁在台湾中部的北港一带建有政权的郑芝龙（郑成功之父）将活动从台湾转向大陆之机，独占了台湾岛。

清顺治十八年（1661年），郑成功因为在大陆抗清不利，决定改以台湾为基地，因此他从厦门出兵，前去攻打台湾。第二年初，荷兰侵略者投降，退出了台湾岛。随后，郑成功和他的儿子郑经在台湾和澎湖设立了三个安抚司和下属的府、州，建立了奉南明永历为正朔的郑氏政权。

在清初的朝廷官员中，对台湾郑氏政权一直存在着安抚与剿平的两种主张，并且以前一种主张占主导地位。到了康熙初年，随着平定“三藩”（指平西王吴三桂，平南王尚可喜及其子之信，靖南王耿仲明及其子继茂、孙精忠）战争的节节胜利，康熙对台湾郑氏政权的宽大态度发生了很大的变化。

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