第三件引起罗马教皇不快的事，则是腓特烈二世积极资助与鼓励位于萨勒诺的医学院的复兴。

欧洲最古老的萨勒诺医学院始建于公元9世纪。随着最早的资助者阿玛尔菲城市国家的衰落，这一医学院的活动也渐渐消停下去。腓特烈二世最终使它复兴。

萨勒诺医学院的特色，就是专注于医学研究，而不问教师与学生的宗教和民族出身。学院的教科书以希腊语、拉丁语、阿拉伯语和希伯来语写成，教授和学生更是从地中海各地汇集而来。

只可惜在腓特烈二世的时代以后，萨勒诺医学院重新沉寂下来。但它的薪火相传，却没有因此而中断。

不久，威尼斯共和国就为了对抗博洛尼亚大学，在境内的帕多瓦建立了大学。21世纪帕多瓦大学最著名的就是其医学部。在南意大利萨勒诺开出的花朵，最终移植到了北部的帕多瓦。

耐人寻味的是，意大利最著名的医学院的资助者，从最早的阿玛尔菲到后来的威尼斯共和国，都是以与异教徒贸易著称的滨海城邦国家。只有腓特烈二世，并不是商人出身。但他与同时代的商人一样，并不拒绝跟异教徒交流。

但腓特烈二世毕竟是神圣罗马帝国的皇帝。他和罗马教皇之间的紧张关系，最终还是要缓和下来。此外，腓特烈也宣誓了带领十字军东征。因此教皇对他的期望是最终把注意力转移到实现东征上去。

那不勒斯大学和萨勒诺医学院建立后，1224年底，腓特烈接待了从圣地前往求助的医院骑士团团长，在二人的直接会晤中听取了巴勒斯坦前线的情况。翌年春天，条顿骑士团团长也前来拜见，并与腓特烈会晤。

得知骑士团来访的教皇，即刻寄来了询问何时出征和兵力配置情况的书信。然而腓特烈的答复却令教皇极为失望。这封复信的内容如下：

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