与唐代相比，中国与印度的医药交流到宋元明时期出现了不同的特点：在医学理论方面，古印度的医理到宋代时已基本被中医融合消化，元明时代更是很少有人再提。而在药物方面，这一时期的交流则更加频繁，数量可能更为可观。其主要原因是海上交通和贸易的发展，使中印间的药物得以成批量流动。

《元史》卷十二和卷一三一，都有印度进献药物的记载。《明史》卷三二六记榜葛剌国的“贡物”，有乳香、熟香、乌香、麻藤香、乌爹泥、藤竭、粗黄等。另据《西洋番国志》、《星槎胜览》等书，当时印度人特别喜欢中国的麝香，中国与当地人有麝香交易。

这里要特别提起的是《本草纲目》。

明人李时珍的《本草纲目》是中国历史上最著名的一部药书，它为我国中药学和植物学的发展作出了重要贡献。此书共52卷，190余万字，收载药物1892种，附方11096则，附图1100余幅。书中，李时珍根据古籍的记载和自己的亲身实践，对各种药物的名称、产地、气味、形态、栽培、采集、炮制等作了详细的介绍，并通过严密的考证，纠正了前人的一些错误。他在书中介绍和考证了许多来自印度的药物，并广征佛书，给其中许多药物注出了梵文译名，这是十分难能可贵的。因此，《本草纲目》一书也汇集了中印医药文化交流的宝贵史料。但需要说明的是，李时珍在书中所列印度传来的药物，许多都是明代以前传来的，而有些相关的古籍已经失传，这就使他的工作更加意义重大。下面举几个具体的例子。

如，《本草纲目·石部》卷——“光明盐”条写道：“《吴录》云：天竺有新淘水，味甘美，下有石盐，白如水晶。”在“消石”条写道：“升玄子《伏汞图》云：消石生乌场(印度西北一国)。”

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