最重要的问题还是最简单的那几个：什么引发了流感？病原体是什么？菲佛鉴定出病原菌并将其命名为流感嗜血杆菌是正确的吗？如果他不对，那是什么引发了流感？谁才是罪魁祸首？

对这个问题的探索是一个如何进行科研、如何寻找答案、自然有多复杂以及如何构建一个坚实的科学框架的经典案例。

整个大流感期间，细菌学家们在寻找流感嗜血杆菌时所获得的结果杂乱无章。训练有素者如纽约的帕克和威廉斯、费城的刘易斯以及埃弗里，也都未能从他们研究的第一批病例中分离出这种细菌。不过，他们随后调整了技术，更换了培养细菌的培养基，往培养基中添加了加温至特定温度的血液，调换了用于着色的染料，最终发现了它。不久后，帕克和威廉斯经常能发现这种细菌，帕克便向国家研究委员会汇报，确信它就是病原——这种疾病的病因。公共卫生部相信它就是病因。刘易斯尽管最初有些疑惑，也还是认同了这个看法。

在洛克菲勒，玛莎·沃尔斯坦从1906年起就开始研究菲佛氏杆菌。经过数年的工作，她仍不认为自己的实验能够充分“直观并且可靠地表明菲佛氏杆菌就是特定的刺激物”Influenza, v. 9, 499.">，但她还是继续研究这种杆菌，在大流感期间她开始确信是流感嗜血杆菌引发了这场疾病。她曾经非常自信地认为她制备的疫苗针对的只是菲佛氏杆菌。她的工作也使她在洛克菲勒的同事们信服，他们都接种了她的疫苗——尽管他们只是国内少数有权使用洛克菲勒抗肺炎球菌疫苗的人——这疫苗已经证明自己是有效的。

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